Strona: Postępy w realizacji części informatycznej grantu / Zakład Systemów Złożonych

Postępy w realizacji części informatycznej grantu

2020-05-20
, red.  Michał Wroński

W ramach realizacji projektu przewidziane są dwie zasadnicze części: biotechnologiczna - związana z hodowlą szczepów bakterii oraz wykonaniem serii eksperymentów metodą Oxford Nanopore w celu odczytania sekwencji DNA; informatyczna – związana z pozyskaniem sekwencji DNA oraz wykonaniem określonych analiz informatycznych w celu wyłonienia tych mutacji szczepów bakterii, które mają potencjalne największe przyszłe zastosowania.

Aby wykonać część informatyczną projektu niezbędne jest zapoznanie się oraz instalacji określonych narzędzi i środowisk. W tym celu zespół informatyków w składzie A. Czmil, M. Ćmil, M. Wroński, D. Strzałka wykonał serię prac, które obejmowały: utworzenie obrazu kontenera zawierającego w sobie środowisko uruchomieniowe, a więc niezbędne biblioteki i narzędzia służące do przetwarzania danych sekwencyjnych. Kontener po pobraniu jest od razu gotowy do uruchomienia. Dodano obrazy kontenera do rejestru obrazów oraz utworzono prototypy skryptu pozwalającego na potokowe przetwarzanie danych genomiczynych. W tym celu niezbędne było także zapoznanie się z procesem składania genomu; testowanie przygotowanego wcześniej prototypu serwera na przykładowych danych pochodzących z sekwencjonowania bakterii (dane dostępne z sieci Internet); dostrajanie parametrów narzędzi. Wykonano testy narzędzi sekwencjonowania genomów Poretools, Canu oraz Nanopolish.

Prace wykonywano zdalnie.

Powrót do listy aktualności

Nasze serwisy używają informacji zapisanych w plikach cookies. Korzystając z serwisu wyrażasz zgodę na używanie plików cookies zgodnie z aktualnymi ustawieniami przeglądarki, które możesz zmienić w dowolnej chwili. Więcej informacji odnośnie plików cookies.

Akceptuję