W Zakładzie Systemów Złożonych została zakończona realizacja projektu pt. Technologia Oxford Nanopore: optymalizacja enzymów oraz analizy danych genomicznych pod kątem zastosowań komercyjnych. Efektem realizacji tego projektu jest zupełnie nowy serwer NanoForms analiz danych bioinformatycznych. Przygotowany serwer, dostępny pod adresem http://nanoforms.tech, jest w stanie obsłużyć małe genomy (do 50 MB). Po załadowaniu pojedynczego plik sekwencji (fastq), dane są wstępnie przetwarzane a użytkownik na bieżąco wybiera dostępne opcje, co pozwala na uzyskanie sekwencji DNA/RNA w postaci pliku fasta. Dla serwera NanoForms opracowano autorski algorytm pipeline przetwarzania danych z ONT. W czasie budowy serwera, ponadplanowo rozszerzono jego funkcjonalność o tzw. złożenie hybrydowe (wraz z danymi z urządzenia Illumina ), co znacząco poprawia ostateczną jakość sekwencjonowania.
W realizację projektu był zaangażowany zespół w składzie :
- mgr inż. Anna Czmil
- mgr Małgorzata Semik
- dr Marta Sochacka-Piętal
- mgr Magdalena Totoń
- mgr inż. Michał Ćmil
- dr Michał Piętal
- dr inż. Dominik Strzałka
- mgr inż. Michał Wroński
Projekt był finansowany przez Podkarpackie Centrum Innowacyjności w ramach grantu nr F3_116 (umowa nr 05/PRZ/1/DG/PCI/2019).
Osoby zainteresowane szczegółami realizacji projektu zachęcamy do odwiedzenia strony www:
https://zsz.prz.edu.pl/dzialalnosc-naukowa/projekty/technologia-oxford-nanopore
