Nowy tom czasopisma PeerJ (100 pkt MNiSW) przynosi artykuł współautorstwa dr hab. inż. D. Strzałki, dr M. Piętala oraz mgr inż. M. Ćmila. Publikacja powstała w ramach grantu finansowanego przez Podkarpackie Centrum Innowacyjności.
Czmil A.; Wroński M.; Czmil S; Sochacka-Piętal M.; Ćmil M.; Gawor J.; Wołkowicz T.; Plewczyński D.; Strzałka D.; Piętal M. NanoForms: an integrated server for processing, analysis and assembly of raw sequencing data of microbial genomes, from Oxford Nanopore technology. https://doi.org/10.7717/peerj.13056
Abstrakt:
Techniki sekwencjonowania nowej generacji (Next Generation Sequencing, NGS) zdominowały aktualny krajobraz badań w dziedzinie genetyki i genomiki. Chociaż Illumina nadal dominuje na świecie w dziedzinie sekwencjonowania, Oxford Nanopore jest jedną z wiodących technologii, która jest obecnie wykorzystywana przez biologów, lekarzy i genetyków w różnych zastosowaniach. Oxford Nanopore jest zautomatyzowany i stosunkowo prosty w przeprowadzaniu eksperymentów, ale generuje gigabajty surowych danych, które muszą być przetwarzane przez specjalistyczne narzędzia poprzez wywołanie ich za pomocą wiersza poleceń oraz programów genomicznych, których uruchomienie wymaga znajomości bioinformatyki.
Wyniki
Nawiązaliśmy międzyuczelnianą współpracę eksperymentatorów i bioinformatyków w celu stworzenia nowego narzędzia bioinformatycznego, dostępnego bezpłatnie dla naukowców. Narzędzie to pozwala osobom bez rozległej wiedzy bioinformatycznej na proste przetwarzanie surowych danych z sekwencjonowania genomu. Obecnie, ze względu na konieczność konserwacji zasobów teleinformatycznych, nasz serwer jest w stanie obsługiwać jedynie małe genomy (do 15 Mb). W niniejszej pracy przedstawiamy nasze narzędzie, NanoForms: intuicyjny i zintegrowany serwer internetowy do przetwarzania i analizy surowych danych genomów prokariotycznych, pochodzących z Oxford Nanopore. NanoForms jest dostępny bezpłatnie dla naukowców pod następującymi adresami: http://nanoforms.tech (serwer WWW) oraz https://github.com/czmilanna/nanoforms (repozytorium źródłowe GitHub).
